第二段 伟大航路之阿拉巴斯坦事件
颠倒山篇（动漫：62－63话）
草帽海贼团一伙人来到伟大航道 双子岬，在那里遇到一只等待留下它去了伟大航道的伙伴50年的‘岛屿鲸’拉布，还有一位是曾在‘海贼王’罗杰船上当过三年船医的可乐克斯（不过当时一行人并不知道可乐克斯曾在海贼王船上待过，现在的可乐克斯是双子岬灯塔看守员），还遇见神秘的二人组‘Mr.9’和‘Miss星期三’想取得拉布的肉当粮食，所幸及时被路飞阻止，本想逃跑的两人却不慎遗失了纪录指针而无法回到他们的基地，之后两人便请求刚得到新纪录指针的草帽海贼团搭船载他们回去。
威士忌山峰篇（动漫：64－67话）
在‘Mr.9’和‘Miss星期三’的带领下，草帽一行人来到威士忌山峰，在那里市民举行派对欢迎他们的到来。后来得悉威士忌山峰是秘密犯罪组织·巴洛克华克的地盘，在‘Mr.5’和‘Miss情人节’的追捕下发现‘Miss星期三’和‘Mr.8’的真实身份其实是阿拉巴斯坦王国公主 娜菲鲁塔利·薇薇和阿拉巴斯坦护卫队队长 伊卡莱姆，从公主口中得知阿拉巴斯坦正处于水深火热之中，以及王下七武海‘Mr.0’沙·克洛克达尔的阴谋后，因此决定帮助薇薇公主（起初看在10亿贝里的份上，只是答应护送）。
后伊卡莱姆变装成薇薇的样子并带着前往阿拉巴斯坦的永久指针，设法假冒草帽海贼团直接回国，让一行人平安离开威士忌山峰，却仍被巴洛克华克派来的‘Miss all Sunday’妮可·罗宾给识破，但Miss all Sunday没有接到任何要杀死薇薇的指令，并只将前往阿拉巴斯坦的永久指针交给草帽海贼团后就离开了，而路飞因不信任Miss all Sunday而将永久指针破坏，并依循原持有的记录指针往小花园前进。
小花园篇（动漫：70－77话）
路飞一行人来到小花园，那里是一个仍然保存著史前时代景观的巨大岛屿。但在那里有着比恐龙更加恐怖的东西，那就是已经在岛上决斗超过100年的两位巨人‘青鬼’东利和‘赤鬼’布洛基。
众人更在此遇上了巴洛克华克的高级特务 ‘Mr.3’和‘Miss黄金周’。
‘Mr.5’和‘Miss情人节’也为了追杀草帽等人从威士忌山峰来到小花园与‘Mr.3’搭档会合，草帽海贼团成功击败他们。 而什么事都不知道的山智在狩猎比赛后发现大家都没回到船上，在找人的途中他来到Mr.3的蜡烛小屋，透过Mr.3的电话虫意外与‘Mr.0’通电话，顺便打败了巴洛克华克底下的“不吉利二人组”，并且从他们身上取得前往阿拉巴斯坦的永久指针。
一行人会合后两位巨人并以最强的绝招“霸国”在食岛怪身上开了个大洞，护送他们离开。
第二段 伟大航路之阿拉巴斯坦事件
磁鼓王国篇（动漫：78－91话）
由于奈美得到一种不知名的病（其实是被在小花园的蚊虫叮咬），使得全员必须前往有医生的岛屿寻找医生，但在此时，他们又从三天前的报道中得知阿拉巴斯坦的内乱越来越严重，身为一国公主的薇薇担忧著国内一百万名国民的性命，因此希望在治好奈美的病后让船以最快的速度航向阿拉巴斯坦。
于是一行人来到了有“医疗大国”之称的磁鼓岛，不巧的是磁鼓岛因为先前统治者的关系，使得岛上只剩下一个医生，那就是住在山上城堡里的‘魔女’Dr.古蕾娃，路飞和山智背着重病的奈美为此踏上征山之途，途中受到一大群“食肉兔”和“雪崩”的影响，山智为了掩护路飞而受重伤，路飞带着两人徒手爬上Dr.古蕾娃所在的磁鼓山，但由于穿着单薄导致严重冻伤晕倒，三人一起接受了Dr.古蕾娃的治疗，并在此遇见了她的助手，一只蓝鼻子的驯鹿多尼多尼·乔巴。
路飞想拉拢乔巴成为自己的伙伴，但乔巴因为过去的心灵创伤而不愿与人类接触，与此同时，前统治者 海贼团船长‘白铁’瓦波尔刚好回到磁鼓岛来抢回他的国家。
在经历与瓦波尔的战斗后，乔巴决定和路飞等人出海，乔巴以船医身份加入草帽海贼团。
阿拉巴斯坦篇（动漫：92－130话）
一行人和公主薇薇来到了阿拉巴斯坦，原先打算至叛乱军基地犹巴直接劝阻叛乱军首领 寇沙，抵达时却发现叛乱军已经离开。
在路飞的决定下前往克洛克达尔的所在地雨地，得知其夺取国家的计划理想国后，便赶回首都阿尔巴那。 在他们抵达阿尔巴那时，内战已经开始了，一行人为了使薇薇到达皇宫与巴洛克华克展开激战。
路飞先后被克洛克达尔打败了两次，最后于遗迹里成功打败他，其他成员亦击败巴洛克华克的一众高级特务。而最后的一场雨使得薇薇得以向大家说明‘Mr.0’克洛克达尔的阴谋，内战亦随之结束。 其后薇薇和跑得快向路飞等人道别，就算脱离了海贼团但仍是伙伴之一。
原·巴洛克华克副社长妮可·罗宾，在解了路飞的毒后，因失去人生目标想寻死却被路飞所救，无处可去而被路飞收留，以考古学家的身份加入了草帽海贼........
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